W ramach jednego projektu nie można korzystać jednocześnie z pomocy finansowej z Funduszu Spójności oraz funduszy strukturalnych. Projekty inwestycyjne mogą uzyskać dofinansowanie z Funduszu Spójności maksymalnie do wysokości 85% wydatków kwalifikowanych. Strona polska musi zagwarantować co najmniej 15% środków na pozostałe finansowanie, z jednego lub kilku źródeł.

Finansowanie przedsięwzięć z Funduszu Spójności opiera się na zasadzie współfinansowania. Zasadniczo środki na współfinansowanie powinny być zapewnione w budżecie podmiotu odpowiedzialnego za realizację. Jednocześnie na współfinansowanie przeznaczane są środki budżetu państwa. Dodatkowo, na współfinansowanie projektów realizowanych z udziałem środków pochodzących z Unii Europejskiej, w budżecie państwa mogą być tworzone rezerwy celowe (sektor transportu).

Współfinansowanie może pochodzić z następujących źródeł:

środki publiczne w tym np.:
- budżet centralny;
- budżet administracji samorządowej;
- nadwyżka finansowa przedsiębiorstwa komunalnego;
- pożyczki/kredyty pozyskane z np.:
Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej lub wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej;
Międzynarodowych Instytucji Finansowych (Europejskiego Banku Inwestycyjnego, Europejskiego Banku Odbudowy i Rozwoju);
Krajowy Fundusz Drogowy;
środki prywatne (partnerstwo publiczno-prywatne);
inne np. pożyczki/kredyty z banków komercyjnych.

Komisja Europejska przekazuje środki finansowe z Funduszu Spójności oddzielnie na realizację każdego projektu w trzech formach:

zaliczki (20% udziału Wspólnoty) po akceptacji projektów przedstawionych przez stronę polską (przy warunku wymienionym w art. D załącznika II do rozporządzenia Rady (WE) 1164/94, tzn. po podpisaniu kontraktów o wartości 20% kosztów kwalifikowanych projektu);
płatności pośrednich (nie później niż po 2 miesiącach od daty otrzymania akceptowalnego wniosku o płatność);
płatności końcowej (po realizacji całego projektu, dokonaniu certyfikacji wszystkich wydatków kwalifikowanych przez Instytucję Płatniczą, przyjęciu raportu końcowego przez Komisję Europejską).